1. Документ определяет направление политики и общие рамки целей и задач Японии и США, а также способствует взаимодействию и координации с целью повышения эффективности двустороннего сотрудничества в области безопасности и обороны.

2. Документ определяет основные направления политики и общие цели и задачи Японии и США, а также способствует взаимодействию и координации с целью повышения эффективности двустороннего сотрудничества в области безопасности и обороны.

3. Документ определяет основные направления политики и общие рамки целей и задач Японии и США, а также предусматривает взаимодействие и координацию с целью повышения эффективности двустороннего сотрудничества в области безопасности и обороны.

Мне больше всего нравится второй вариант.

Документ определяет основные направления политики и общие цели и задачи Японии и США, а также способы межгосударственного сотрудничества и взаимодействия в целях повышения эффективности сношений в области безопасности и обороны.

так красивее (мое оценочное мнение)

И это:
"задает .....пути сотрудничества ..... с целью повышения ...сотрудничества"
Sure?

Но единственное, что считаю возможным изменить - перевод The document provides the general framework and policy direction for the roles and missions of Japan and the United States. Может, действительно, не "документ определяет общие цели и задачи Японии и США", а "документ определяет общие цели и задачи между Японией и США"?

Также нравится вариант "координация совместных действий" (только не "по повышению", а "с целью повышения"). Однако фраза "взаимодействие и координация" также довольно часто встречается в российских текстах: "Лидеры двух стран подчеркнули необходимость тесного взаимодействия и координации на многосторонних переговорных площадках, где обсуждаются вопросы международной безопасности, в том числе проблематика контроля над вооружениями, разоружения и нераспространения оружия". (http://www.kremlin.ru/supplement/5215/print).

Поэтому есть два варианта:

Тот же самый: Документ определяет основные направления политики и общие цели и задачи Японии и США, а также способствует взаимодействию и координации с целью повышения эффективности двустороннего сотрудничества в области безопасности и обороны.

Либо: Документ определяет основные направления политики и общие цели и задачи между Японией и США, а также способствует координации совместных действий с целью повышения эффективности двустороннего сотрудничества в области безопасности и обороны.

Однако "координация совместных действий", на мой взгляд, несколько уже, чем "взаимодействие и координация". Последняя фраза имеет более широкое значение. Взаимодействие может относится к кооперации двух стран в военно-технической сфере, в сфере закупок вооружений. Документ содержит положения об этом. Поэтому все же "взаимодействие и координация" предпочтительнее.

Но что лучше - "общие цели и задачи Японии и США" или "общие цели и задачи между Японией и США"?

Сотрудничество может вестись между тремя, четырьмя сторонами. Bilateral cooperation указывает на то, что оно ведется между двумя сторонами - США и Японией. Перевод bilateral cooperation как межгосударственное сотрудничество не указывает на то, между какими государствами ведется сотрудничество. Просто сотрудничество между государствами - какими?